En La Armadura de Dios el padre Flannery continua su búsqueda por recuperar el evangelio de Dismas Bar Dismas robado por la secta Via Dei que antecede a los cuatro evangelios canónicos y transmite el mensaje de la existencia de un único Dios para todas las religiones. La historia está enmarcada en dos espacios temporales, la época actual y la Primera Cruzada.
En la época actual el padre Flannery, guardián del símbolo Trevia Dei, va de camino a Nueva York. Allí va a tener lugar un simposio entre los grupos religiosos más poderosos del mundo y va a intentar demostrar con la ayuda del manuscrito Masada que el mensaje de Cristo fue un mensaje de unidad y armonía entre judíos, cristianos y musulmanes, ya que hay un único Dios. Esto molesta a fanáticos religiosos de las diferentes ideologías que intentarán sea como sea que el simposio no tenga lugar, y sobre todo, que el Padre Flannery no hable sobre el Trevia Dei.
En la historia del pasado, el lector viaja hasta la Edad Media y los primeros templarios. El protagonista es Tobias Garlande, un erudito que vive en la Casa de la Biblioteca en Toledo. Como el padre Flannery es guardián del símbolo Trevia Dei y suele tener visones de futuras tragedias por culpa de los continuos enfrentamientos entre los hombres a causa de la religión. Entre esas visiones ve el exterminio de los judíos en la Segunda Guerra Mundial o el atentado contra las Torres Gemelas. En contra de la Guerra Santa, va a Jerusalén e intentará persuadir a los primeros cruzados de iniciar una guerra. Tobías junto a su ayudante judía Rachel Benyuli encuentra el manuscrito de Dismas bar-Dismas en Masada y decide hacer una copia exacta del mismo. Sin embargo su deseo por salvar el manuscrito y evitar que caiga en manos de Via Dei le conducen a la muerte, no sin antes asignar el destino del manuscrito y el duplicado a Rachel y a su futuro marido
Al-Aarif, un príncipe musulmán.