29 de mayo de 1525. Un peregrino es asesinado poco antes de llegar a la ciudad de Burgos; se trata de una más de una serie de extrañas muertes que se vienen produciendo en las diferentes etapas del Camino Francés. El arzobispo de Santiago le pide a Fernando de Rojas que se haga cargo de la investigación del caso.

El célebre pesquisidor tendrá que hacer el Camino de Santiago en pos de las huellas de los criminales y para ello contará con la ayuda de Elías do Cebreiro, clérigo y archivero de la catedral compostelana. En su recorrido se encontrarán con toda clase de retos y peligros, se adentrarán en lugares recónditos y misteriosos y conocerán a numerosos viajeros, cada uno con su secreto a cuestas.

Gracias a su cuidada ambientación histórica, esta novela muestra una cara inédita de la ruta jacobea en una época de gran turbulencia en la que la peregrinación está en entredicho a causa de los airados ataques de Lutero, los falsos peregrinos que se aprovechan de ella y las rivalidades entre aquellos que tratan de controlarla y sacar beneficio.

El manuscrito de barro no es solo una novela de intriga histórica llena de peripecia, conflictos y sorpresas. Es también un viaje en busca de la verdad y la transformación personal y una historia de amistad forjada en la dureza y las dificultades del Camino. Con ella el autor da un paso más allá en la senda iniciada con El manuscrito de piedra, con la que ha obtenido un extraordinario éxito de público y crítica.