En 1501, Leonardo da Vinci viaja a Roma a petición de César Borgia. Le acompaña su ahijado y discípulo Salaì, y su misión consiste en desenmascarar al grupo de intelectuales y políticos que hay detrás de la conspiración contra el Papa español, Alejandro VI. A cambio, César Borgia le promete una posición privilegiada en el entorno artístico de la ciudad papal. El maestro, desencantado de su Florencia natal por no recibir el reconocimiento que considera merecer, ve en la propuesta de Borgia un trampolín a la fama y la acepta gustoso. Pero en Florencia hay quien desconfía del repentino interés de Leonardo por el estudio in situ del arte clásico (la versión oficial del viaje) y encarga al joven Salaì que espíe e informe puntualmente de todos los movimientos de su maestro. Salaì, jovenzuelo avispado y sin demasiados escrúpulos, inicia de este modo una correspondencia que desvelará no sólo las mentiras que se esconden tras el complot por deshonrar al Papa Borgia, sino la falsa realidad intelectual del gran maestro del Renacimiento.