El protagonista es Nazario Zaharin, un clerigo muy particular dedicado a la Iglesia, es un hombre desprendido para con los pobres, entregado, con un gran sentimiento evangelico, humilde. Los pobres ven en Nazarin otro tipo de catolicismo muy diferente al habitual de su tiempo. Es un clérigo que vive con los pobres, cerca de ellos, se quita el pan de la boca para dárselo a los mas desfavorecidos.Vive en un barrio de Madrid que es un mundo de pobreza, de miseria y de marginación a todos los niveles;un lugar que tiene la delincuencia y la prostitución como medio de vida; un mundo en donde esta la escoria que deja una sociedad injusta. Vive cerca de una posada, donde la dueña acoge a toda clase de marginados. Una mujer, Andara, le pedirá ayuda pues acaba de apuñalar a otra mujer y pedirá a Nazarin que la esconda.Como alguien visita la casa del clérigo y nota un olor extraño(el olor del perfume de la mujer),Ella deberá huir, pero antes temiendo que el cura pague por haberla escondido quemará sus ropas y esto hará que la posada de los pobres y la casa de Nazarín acaben en llamas y el cura se quede en la calle .Irá a parar tambien a casa de otro clerigo que le acoge pero que es muy distinto a él, puesto que el otro no comprende como Nazarin se mezcla con la marginación y les ayuda. Corre la voz de que Nazario escondió a aquella mujer en su casa y que fue el quien incendió la casa y nadie quiere que oficie misas. Nazarín en la miseria, sin casa y sin ningun dinero empezara una andadura por diferentes tierras acompañado de la pobreza.Una pobreza que el asume con gusto, pues no desea ser como otros clerigos.En ese camino volverá a encontrar a Andara que le dirá que para ella el es un santo por haberla ayudado y le pedirá que le lleve con el en su camino.Y con ellos irá tambien Beatriz, otra mujer que Nazarin conoce a través de Andara.Con ellas vivirá un peregrinaje hasta que será prendido por la justicia, maltratado y llevado a la carcel con sus dos compañeras.