Segundos negros arranca con la desaparición de una niña de diez años en una población rural noruega rodeada de granjas y bosques. El sucedo reaviva los peores temores de su madre, que siempre ha creído que su hija era algo demasiado bueno para que durase. El comisario Konrad Sejer, tan humano, tan serio, tan comprensivo que los sospechosos a menudo se sienten tentados de contarle más de lo que pretenden durante los interrogatorios, y su joven asistente, Jacob Skarre, dan comienzo a la investigación del caso. Las sospechas recaen sobre Emil Mork, un tipo raro que vive solo y no habla desde su infancia. A medida que avanzan las pesquisas se pone de manifiesto que todos los habitantes de la pequeña localidad ocultan algún secreto.