En el siglo XVI el tráfico de oro y plata proveniente de América hacia España era frecuente. Los cargamentos cruzaban el Mar del Norte desde Nueva España (México) y también desde el virreinato del Perú. Muchas de las embarcaciones naufragaron en los mares tenebrosos de lo que ahora se conoce como Atlántico. Sus cargamentos quedaron esparcidos por algunas islas y en las profundidades del océano, producto de los huracanes y tormentas, pero también de los enfrentamientos con corsarios y piratas.
Uno de esos enormes tesoros yace en una isla camino a las Bahamas, el sitio y lo que allí se encuentra está en un diminuto pergamino que escondió Giulio Clovio, el pintor miniaturista más famoso de la historia. Permaneció oculto por casi quinientos años dentro de un microscópico reloj que fue a parar a manos de un coleccionista.
EL MANUSCRITO se encargará de guiar a todos los involucrados, quienes entrarán en la historia y formarán parte de ella.

Como en el libro anterior, EL MANUSCRITO I El secreto, Blanca Miosi utiliza una técnica original, en la que el lector podrá visualizar lo que ocurre desde diferentes puntos de vista, incluyendo el del manuscrito y, así como en el primer libro, es una novela que tiene principio y fin.