«Vivo enjaulada en una levita negra y en la piel de un hombre. Antes lo estaba en una celda de piedra. Y mucho antes en una estancia de estrellas, papel y tinta. Sin embargo, mis entrañas se niegan a ser quien represento y me impiden mentir ante el espejo. Daos por engañados los demás, ese es mi triunfo y mi tormento. He perdido mi nombre, mi sexo, mis ideas; pero no soy un hombre, ni olvido lo que pienso, y ahora más que nunca vivo presa en este traje como hembra. No soy luz y no soy sombra. Mi nombre es Penumbra. Y apenas acierto a verme».

A comienzos del siglo XVII, la marquesa Juana de Alcántara, astrónoma y física, es perseguida por la Inquisición. Por azar, gracias a su aspecto andrógino, consigue ocultar su identidad bajo el disfraz de un religioso para sobrevivir en la ciudad más podrida, llena de criminales y pasiones ocultas de todo el Caribe.

Allí, además de esconder su secreto (y su imposible atracción por el capitán del destacamento), se verá obligada a resolver unos misteriosos crímenes, mientras que, de fondo, el misterio de la selva y sus indios Invisibles acechan a ese lugar mágico llamado La Ciénaga y a todos sus habitantes.