Cansado de la serie de Les Rougon-Macquart, Zola emprende con entusiasmo en 1891 un nuevo proyecto: Lourdes, primera novela de la trilogía Las tres ciudades, que completan Roma y París. Un mismo hilo conductor las une: la crisis de fe del abate Pierre Froment, y por extensión el eterno conflicto entre ciencia y religión que marcó el origen de la sociedad moderna a finales del siglo XIX. Lourdes constituye un testimonio incomparable del peregrinaje al sur de Francia, en el que la «masa» cobra una dimensión abstracta, con alma propia más allá del hombre, hacia el misticismo, la fe, el dolor y la esperanza humana. En una época donde impera el positivismo y la razón, Zola da una oportunidad a la ilusión y la mentira, al milagro como sustento del sufrimiento. Tras la publicación de Lourdes y Roma, la obra completa de Zola fue inscrita en el Índice por un decreto del Vaticano.